Да, вы правы. Такие ситуации бывают и это очень плохо - ведь вы теряете на этом не только время, но и деньги - госпошлина-то в случае отказа не возвращается. Так что мой вам совет - если не хотите рисковать, лучше подумайте о том, чтобы обратиться в консалтинговую или юридическую фирму, которая знает все тонкости законодательства и поможет вам без проблем получить лицензию на пользование недрами:
https://stroykad.com/licenziya-na-polzovanie-nedrami/